O FNFM é composto principalmente por cartas trocadas entre colegas, com instituições científicas de pesquisa e ensino, nacionais e internacionais. A correspondência trocada com seu irmão Ademar, também geneticista, envolvem tanto questões familiares quanto profissionais. A correspondência familiar inclui diversas "circulares", com mensagens para vários membros da família em um mesmo item. Há também cartas trocadas entre NFM e padres e religiosos. O FNFM inclui também a sua produção intelectual e sobre ele, diplomas e certificados, relatórios de viagens, currículos, fotografias e vídeos de eventos, entre outros.
Caderneta escolar de JCR, Externato e Semi-Internato S. Ignácio, constando médias obtidas e anotações referentes a vida escolar do titular. S.l. 1919 S.ass. 21p. (impr. e ms.)
O fundo é constituído de documentos pessoais, administrativos e relacionados a crise de 1981 na Unicamp; correspondência; produção acadêmica e científica; artigos; recortes de jornais; e fotografias.
Separatas, folhetos, tese e livros de autoria de Allyrio Hugueney de Mattos; periódicos e recortes de jornais diversos, principalmente sobre cartografia e sobre o eclipse solar de 1919.
A coleção traz registros de sua trajetória como engenheiro e professor da Escola Politécnica do Rio de Janeiro, incluindo currículos, recortes de jornais e textos manuscritos e impressos sobre cartografia e astronomia.
