Trata-se de um órgão complementar da Universidade, previsto nos Estatutos da Unicamp, baixados pelo Decreto Estadual nº 52.255/1969. Sua implantação se deu a partir da Portaria GR-121/1983 como Prefeitura da Cidade Universitária “Zeferino Vaz”. Com a publicação da Resolução GR-034/2018, a Prefeitura Universitária passou a ser vinculada à Diretoria Executiva de Administração (DEA). É responsável pelos serviços de alimentação nos restaurantes universitários, transporte fretado e circular, sinalização viária, energia elétrica e saneamento. É responsável ainda pela manutenção urbana e predial, limpeza urbana e coleta seletiva, monitoramento animal e implantação e conservação de áreas verdes. O órgão também gerencia os pontos comerciais espalhados pelo campus e promove programas de conscientização e projetos de melhoria na Universidade.

A partir da Deliberação CONSU A-011/2023, foi criada a Prefeitura Universitária dos campi de Limeira, subordinada à Diretoria Executiva de Administração (DEA). Cabe à PREF-LIM coordenar as relações institucionais junto às unidades de Limeira, intermediar as ações com demais órgãos da administração da Universidade, formular, implantar e executar políticas de gestão dos territórios, abrangendo abastecimento e distribuição de água, energia elétrica, água pluvial e esgoto, resíduos sólidos, manutenção urbana e predial, limpeza e conservação, segurança e vigilância patrimonial, convivência universitária, transporte, acessibilidade, meio ambiente, sustentabilidade, alimentação, modernização tecnológica e comunicação. Ao ser instituída, a PREF-LIM incorporou a Secretaria de Administração Regional – SAR.