A PRPG foi criada pelo Decreto Estadual 25.212/1986, que alterou os Estatutos da Unicamp, em substituição à Coordenadoria Central de Pós-Graduação (CCPG). Tem como principal objetivo coordenar as atividades dos cursos de pós-graduação da Universidade, assessorando no desenvolvimento de políticas que visem ao melhoramento destes cursos, propondo e executando convênios entre a Unicamp e os órgãos de apoio à pós-graduação, nacionais ou estrangeiros, públicos ou privados.