O Conselho Universitário (CONSU) constitui o órgão supremo de deliberação da universidade, previsto no Artigo 26 da Lei 7.655/62, de 28.12.62, foi instalado em 31.03.1987, e tem como principais atribuições: Legislação e Normas: a) exercer a jurisdição superior da Universidade e traçar as suas diretrizes b) emendar os Estatutos por deliberação de 2/3 de seus membros c) aprovar o Regimento Geral e homologar os Regimentos das Unidades Universitárias, bem como dos órgãos Complementares e demais órgãos integrantes da Universidade d) constituir as Câmaras de Ensino, Pesquisa e Extensão e a Câmara de Administração e) delegar atribuições às Câmaras de Ensino, Pesquisa e Extensão e de Administração f) constituir suas comissões assessoras permanentes e transitórias, definindo sua competência e atribuições g) organizar a lista, nos termos da legislação vigente, a ser submetida ao Governador do Estado para a escolha do Reitor . Para tanto, o Conselho realizará consulta indicativa à Comunidade Universitária, na qual se considerará o voto ponderado do Corpo Docente, do Corpo Discente e do Corpo de Servidores Técnicos e Administrativos, fixado o peso de 3/5 para o voto da categoria docente, 1/5 para o voto da categoria Discente e 1/5 para o voto da categoria do Servidor Técnico e Administrativo. Por voto de uma categoria entendese a relação entre o número de votos recebido por professor votado, que seja elegível, e o número total de eleitores qualificados para votar nas respectivas categorias h) homologar os nomes indicados pelo Reitor para as funções de Coordenador Geral da Universidade e de Pró-Reitor i) avocar, por proposta do Reitor ou de 1/3 de seus membros, a decisão sobre qualquer assunto de interesse relevante incluído na competência das demais instâncias da Universidade j) aprovar a criação ou extinção dos cursos de graduação e pósgraduação e os planos de expansão e desenvolvimento relativos ao ensino e à pesquisa, depois de pronunciamento da Câmara de Ensino, Pesquisa e Extensão l) aprovar mediante parecer da Câmara de Ensino, Pesquisa e Extensão, as propostas de criação, extinção ou remodelação de Unidades, Departamentos, Centros e Núcleos m) elaborar a política acadêmica, científica, cultural e de prestação de serviços à comunidade n) aprovar convênios e contratos com entidades públicas e privadas, nacionais ou estrangeiras, propostos pelas Unidades Universitárias e com parecer da Câmara competente conforme a natureza da matéria o) aprovar as normas encaminhadas pelas congregações para realização de concursos para o corpo docente, para a inscrição de candidatos, para a composição de bancas e para a homologação dos resultados, depois de pronunciamento da Câmara de Ensino, Pesquisa e Extensão p) aprovar propostas de alteração
do Estatuto do Servidor da UNICAMP depois de pronunciamento da Câmara de Administração q) deliberar, em grau de recurso, sobre as sanções disciplinares aplicadas ao pessoal docente, técnico-administrativo e discentes r) reconhecer a representação discente legalmente constituída s) julgar os recursos a ele interpostos t) deliberar sobre os casos omissos nos Estatutos u) elaborar o seu Regimento Interno v) cumprir e fazer cumprir o disposto nos Estatutos, no Regimento Geral e nos Regimentos das Unidades Universitárias x) deliberar sobre as normas de ascensão dos docentes por avaliação de mérito, encaminhadas pelas congregações, ouvida a Câmara de Ensino, Pesquisa e Extensão z) fixar anualmente o número de docentes em cada categoria ou nível, para cada Instituto ou Faculdade, proposto inicialmente pelos Departamentos e deliberado em primeira instância pelas congregações, ouvida a Câmara de Administração. II. Do orçamento e patrimônio: a) deliberar sobre a política orçamentária e administrativa da Universidade, após pronunciamento da Câmara de Administração b) aprovar a dotação orçamentária de cada Unidade proposta pela Câmara de Administração c) aprovar a prestação anual de contas de cada Unidade, após parecer da Câmara de Administração, d) autorizar a aquisição de bens imóveis, assim como a alienação, cessão e o arrendamento de tais bens, pertencentes à Universidade, mediante parecer da Câmara de Administração e) aceitar legados ou doações à Universidade ou a qualquer de seus órgãos sem encargos ou vinculações, após parecer da Câmara de Administração f) instituir fundos especiais permanentes g) deliberar sobre assuntos orçamentários e patrimoniais não previstos nas alíneas anteriores III. Dos títulos, prerrogativas e prêmios: a) autorizar, por proposta do Reitor ou das Congregações, a concessão de títulos de Doutor "Honoris Causa", de Professor Emérito e de Professor Honorário b) conferir mandato universitário a instituições públicas ou privadas, de caráter acadêmico, cultural, científico, técnico ou artístico c) instituir prêmios honoríficos ou pecuniários (..). Todo o expediente do CONSU é feito pela Secretaria Geral, órgão complementar da Reitoria.

Criado junto à Reitoria, pela Portaria GR 158/94, de 08.11.1994, o Conselho Tecnológico da Unicamp (CCT) tinha como finalidades a análise e reflexão sobre assuntos científicos, tecnológicos, mercadológicos e de propriedade industrial, com o objetivo de sugerir as políticas a serem adotadas pela Unicamp nas relações Universidade/Empresa. Este Conselho orientava as atividades dos seguintes órgãos: Centro de Incentivo à Parceria Empresarial (CIPE), Escritório de Transferência de Tecnologia (ETT), Comissão Permanente de Propriedade Industrial (CCPI), Centro de Qualidade e Certificação (Unicamp-CQC) e Centro de Eficiência Comercial (CEFI-Com). Extinto pela Portaria GR 125/98, de 02.07.1998, foi substituído pelo Escritório de Difusão e Serviços Tecnológicos (EDISTEC).

Instituído junto à Reitoria, pela Portaria GR 89/90, de 08.05.1990, e pela Deliberação CAD-A-274/93, de 07.07.1993, o Conselho Orientador de Recursos Humanos (CORH), tinha como atribuições definir a política da recursos humanos da universidade fixar diretrizes relativas ao treinamento e desenvolvimento do pessoal da universidade estabelecer normas e procedimentos relativas à seleção e recrutamento de pessoal aprovar e homologar as carreiras funcionais e seus princípios gerais fixar os limites da descentralização da administração dos Recursos Humanos da universidade aprovar as normas e procedimentos relativas à concessão de benefícios sociais e previdenciários dos servidores da universidade, entre outras. Foi extinto pela Deliberação CAD-A-01/99, de 11.03.1999 e suas atribuições foram absorvidas pela Câmara de Administração (CAD).

O Conselho Diretor da Unicamp (CD) foi previsto no Artigo 26 da Lei 9.715/67, de 30.01.1967 (que alterou a lei de criação da universidade, Lei 7.655/62, de 28.12.1962). Foi instalado em 21.02.1967 e extinto em em 19.12.1986. De acordo com o Parágrafo 2º do Artigo 27, da Lei 10.214/68, de 10.09.1968 (que alterou a Lei 9.715/67), foi substituído pelo Conselho Universitário da Universidade em 1987.Conselho diretor da Universidade era composto:
Pelo reitor
Pelo vice-reitor
Pelo coordenador geral da Universidade
Pelo Coordenador Geral dos Institutos
Pelo Coordenador Geral das Faculdades
Pelos diretores dos Institutos
Pelos diretores das Faculdades
Pela representação estudantil, até no máximo 3 membros, eleita pelos alunos regularmente matriculados na Universidade
Tinha como competências:
1- Aprovar os regimentos dos Institutos e Faculdades, bem como dos órgãos complementares.
2- Constituir as Câmaras Curricular e de Pesquisa
3- Deliberar sobre a realização de cursos, a elaboração dos currículos, dos planos de estudos e de pesquisa e do regime didático dos Instituto e das Faculdades
4- Deliberar sobre as propostas dos Institutos e das Faculdades, relativas a suspensão de cursos por eles ministrados
5- Propor, anualmente, ao Conselho Universitário, para cada Instituto ou Faculdade, o número de docentes, em cada categoria ou nível
6- Aprovar as indicações de docentes, propostas pelas Congregações dos Institutos ou das Faculdades
7- Deliberar sobre propostas de criação ou remodelação de órgãos, nas diversos unidades universitárias
8- Deliberar sobre alteração da lotação de cargos e funções da Universidade, mediante proposta do Reitor
9- Deliberar sobre normas para concessão de bolsas de estudo ou afastamento remunerado.

O Conselho de Extensão (CONEX), foi criado pela Portaria GR 88/94, de 19.07.1994, junto ao Gabinete do Reitor (GR). Atualmente, está subordinado à Pró Reitoria de Extensão e Assuntos Comunitários, de acordo com a Resolução GR 57/03, de 19.08.2003. Ao Conselho de Extensão (CONEX) compete manifestar-se sobre todos os assuntos que envolvam atividades de extensão, contratos, convênios, bem como seus respectivos aditivos, de interesse dos institutos e faculdades, núcleos e centros.

O Conselho de Entidades de Campinas (CEE) foi fundado em março de 1955 e agregava as sociedades de classe, culturais e de serviços da cidade, para debater assuntos de interesse coletivo da sociedade campineira e viabilizar as decisões decorrentes destes debates. O Conselho decidiu tratar da questão relacionada à Faculdade de Medicina de Campinas, criada em 30.06.1953, pela Lei 2.154/53, mas até então não implantada. O Conselho de Entidades de Campinas retomou a Campanha Pró-Instalação da Faculdade de Medicina em Campinas, idealizada pelo jornalista Luso Ventura em 1946. Porém, somente em 1961 essa campanha ganhou força dentro do Conselho de Entidades que promoveu uma mobilização tão intensa que o governo do Estado e a Assembléia Legislativa acabaram cedendo à pressão e em 28.12.1962, foi criada a Universidade de Campinas, pela Lei Estadual 7.655/62. Esse movimento foi documentado por Ruy Rodrigues, membro do Conselho de Entidades.

Previsto na Lei 7.655/62, de 28.12.1962, de criação da Universidade Estadual de Campinas, o Conselho de Curadores (CC) deveria funcionar até a formação do primeiro Conselho Universitário. Foi extinto pela Lei 9.715/67, de 30.01.1967, que alterou a Lei 7.655/62 e determinou que, enquanto o primeiro Conselho Universitário não fosse formado, suas funções seriam exercidas por um Conselho Diretor. Sua primeira reunião ocorreu em 08.05.1963, presidida pelo reitor Cantídio de Moura Campos, enquanto a última reunião aconteceu em 14.09.1965, sob a presidência do Prof. Zeferino Vaz. Era o órgão deliberativo da Universidade de Campinas e tinha como competências, dentre outras, exercer a jurisdição superior da universidade, traçar sua política geral e fiscalizar a execução, além de fiscalizar também a execução orçamentária e deliberar sobre a prestação de contas do reitor.

O Conselho Consultivo, Científico e Tecnológico da Unicamp(CCCT)foi criado pela Portaria GR 37/92, de 10.04.1992, junto à Reitoria da Unicamp, tinha como objetivos a análise e reflexão sobre assuntos científicos, tecnológicos, mercadológicos e de propriedade industrial, com o objetivo de sugerir as políticas a serem adotadas pela Unicamp nas relações Universidade/Empresa. Esta Portaria foi revogada pela Portaria GR 138/94, de 30.09.1994, que reestruturou o Escritório de Transferência de Tecnologia (ETT).