Fundado em 1963 pelo Prof. Dr. Bernardo Beiguelman, foi o primeiro Departamento de Genética Médica da América Latina. Em seus primeiros anos, funcionava no prédio da Maternidade de Campinas, junto à Faculdade de Ciências Médicas da UNICAMP. Em 1968, com a construção da Cidade Universitária Zeferino Vaz no distrito de Barão Geraldo, o DGM foi instalado no prédio do Instituto de Biologia. O primeiro Ambulatório de Doenças Genéticas do Brasil, fundado em 1969, por esse departamento, era então dirigido pelo Dr. Walter Pinto Jr. Depois disso, outros ambulatórios especializados de genética foram fundados até atingirem a condição atual. Em 1987, o DGM foi transferido para o 2o. andar do prédio do Hospital de Clínicas da UNICAMP, a partir de então teve sua infra-estrutura laboratorial reformulada e passou a ter uma maior integração com outras áreas da Faculdade de Ciências Médicas da Unicamp.Em outubro de 1997, o DGM foi transferido para o conjunto de prédios destinados a receber a administração da FCM. Esta mudança permitiu a ampliação e modernização do laboratórios de citogenética e Genética Molecular que, juntamento com o laboratório de Genética Humana do Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG) constituíram e cerne de toda a pesquisa básica e o suporte para toda a pesquisa clínica e as atividades assistenciais desenvolvidas pelo DGM na época.O DGM é composto por laboratórios e áreas de atuação que são: Ambulatório de Genética Geral I e II(1969) – Linhas de Pesquisa: Etiologias da Deficiência Mental Disturbios Correlatos – Dismorfologia Clínica e Aconselhamento Genético; Laboratório de Citogenética, Ambulatório de Aconselhamento Genético em Hemoglobinopatias e Coagulopatias (1973) – Linhas de Pesquisa em Hemoglobinopatias, Farmacogenética, Aconselhamento Genético, Genética de Populações, Genética e Saúde Pública; Ambulatório de Genética em Deficiência Auditiva e Visual (1975-1991)- em 1991 incorporado ao Centro de Reabilitação “Prof. Dr. Gabriel Porto”; Ambulatório de Genética em Anomalias Crânio-Faciais (1985); Programa de Residência em Genética (1988); Ambulatório e Linha de Pesquisa em Erros Inatos do Metabolismo(1988); Ambulatório e Linha de Pesquisa em Síndrome de Down (1988); Laboratório de Genética Molecular(1988); Laboratório de Genética Humana do CBMEG (1988); Ambulatório do GIEDDS – Linha de Pesquisa em Distúrbio de Determinação e Diferenciação do Sexo (1989); Ambulatório e Linha de Pesquisa em Neurogenética (1997) e Informática Biomédica. Atualmente (2002), o DGM funciona no primeiro andar do prédio da Faculdade de Ciências Médicas da UNICAMP, tendo salas de docentes, secretarias, Laboratórios compreende o Serviço de Genética Perinatal e o SIAT, ambos localizados no Centro de Assistência Integrada à Saúde da Mulher (CAISM).