O Asilo de Alienados do Juqueri foi inaugurado em 1898, no atual município de Franco da Rocha, região metropolitana de São Paulo, por uma iniciativa do governo do estado. Teve como idealizador e primeiro diretor o médico psiquiatra Francisco Franco da Rocha, que buscou nas colônias agrícolas de reabilitação francesas a inspiração para o empreendimento. As obras, iniciadas em 1895, ocuparam uma área de 150 hectares, com projetos dos arquitetos Emílio Olivier e Francisco de Paula Ramos de Azevedo. No início de seu funcionamento, o Asilo Hospital de Juqueri possuía fama de excelência, atendendo não apenas aos cidadãos mais humildes como também pessoas da alta sociedade. No entanto, logo passou a ter problemas com o rápido crescimento do número de pacientes, ultrapassando a capacidade máxima pela primeira vez em 1909. Após mudanças de conduta que passaram a separar pessoas com doenças mentais daquelas condenadas e internadas por ordem judicial, o Asilo passou a denominar-se Hospital e Colônia de Juqueri, em 1929. Apesar disso, continuou enfrentando a superlotação, chegando a ter cerca de 14 mil internos entre os anos de 1960 e 1970. Na década de 1980, denúncias de maus tratos e desvios de verba eram frequentes. Por conta disso, nos anos seguintes, teve sua estrutura funcional redefinida, quadro de profissionais aumentado e o protocolo de confinamento abolido, optando-se pela não hospitalização, pelo atendimento ambulatorial e pela inserção na sociedade. Encerrou as atividades em 1 de abril de 2021, com a transferência dos nove últimos pacientes que ali viviam.

Fundado em 1931 como Leprosário Pirapitingui, depois denominado Asilo Colônia Pirapitingui, foi criado para abrigar vítimas da hanseníase quando a doença ainda era vista com preconceito e os procedimentos de saúde pública impunham o isolamento. Os pacientes viviam no Asilo Colônia, constituindo ali família e recriando seu mundo sociocultural (Rádio Colônia Pirapitingui), sendo muitas vezes ali mesmo enterrados (Cemitério São José) em função da perda de contato com os familiares. Hoje, o antigo complexo abriga o Hospital Dr. Francisco Ribeiro Arantes.

O Hospital das Clínicas (HC) foi previsto inicialmente na Lei 4.996/58, de 25.11.1958, que criou a Faculdade de Medicina de Campinas (atual FCM), como uma entidade autárquica. Posteriormente, a FCM foi incorporada à Universidade Estadual de Campinas, de acordo com a Lei 7.655/62, de 28.12.1962. Quanto ao Hospital das Clínicas, passou a integrar a universidade como autarquia complementar, conforme os Estatutos da Unicamp, baixados pelo Decreto Estadual 52.255/69, de 30.07.1969. Atualmente, o HC é um órgão subordinado à Reitoria e associa-se à Faculdade de Ciências Médicas (FCM) para fins de ensino, pesquisa e prestação de serviços médico-hospitalares à comunidade. O Hospital das Clínicas, por meio das unidades que o compõem, tem por finalidade servir de campo para formação de profissionais em Ciências Médicas e correlatas servir de campo de aperfeiçoamento de médicos, técnicos e alunos, possibilitando a realização de pesquisas, estágios e de cursos de pós-graduação colaborar e contribuir para a educação médico-sanitária da população funcionar integrado ao sistema de saúde da comunidade, prestando assistência médico-hospitalar. O HC é a maior das unidades assistenciais ligadas à Faculdade de Ciências Médicas (FCM) e nele se desenvolve grande parte dos programas de ensino e residência médica. Teve sua pedra fundamental lançada em 28.02.1975, mas só iniciou suas atividades a partir de 1979. Suas instalações foram gradualmente implantadas: em 01.02.1979, foi inaugurada a ala ambulatorial em 11.10.1985, a primeira ala de internação e em 06.02.86, após a instalação de toda a sua estrutura, o HC foi oficialmente inaugurado. Daí em diante, diversos serviços, laboratórios e ambulatórios foram também sendo implantados.