A Prefeitura da Cidade Universitária "Zeferino Vaz" é um órgão complementar da universidade, previsto nos Estatutos da Unicamp, baixados pelo Decreto Estadual 52.255/69, de 30.07.1969. A sua implantação se deu a partir da Portaria GR 121/83, de 02.05.1983. Atualmente, está subordinada à Pró-Reitoria de Desenvolvimento Universitário (PRDU), de acordo com a Resolução GR Nº 57, de 19.08.2003. Como órgão de administração do campus universitário, possui a incumbência de superintender todas as atividades de construção e manutenção de edifícios e logradouros, serviços de utilidade pública, transportes e comunicações, zeladoria, vigilância, parques e jardins, além de oficinas de produção industrial. Tem por finalidade executar a administração e conservação das áreas comuns da Cidade Universitária.