A Faculdade de Ciências Farmacêuticas (FCF), instituída pela Deliberação CONSU-A-001/2014, tem sua origem no curso de Farmácia, criado pela Deliberação CONSU-586/2002. Sua coordenação se daria mediante a realização de rodízios anuais entre o Instituto de Biologia (IB), Faculdade de Ciências Médicas (FCM) e Instituto de Química (IQ), unidades responsáveis pelo oferecimento do curso, juntamente com o Centro Pluridisciplinar de Pesquisas Químicas, Biológicas e Agrícolas (CPQBA). Em 2007, o rodízio passou a ser bienal entre as coordenações, até a criação da Faculdade, em 2014, a partir da Deliberação CONSU-A-001/2014. A FCF oferece programas de mestrado e doutorado nas áreas de Fármacos, Medicamentos e Insumos para a Saúde. Desde março de 2017,a unidade está instalada em sua sede própria.