Em 1988 os Arquivos Históricos do Centro de Lógica, Epistemologia e História da Ciência (CLEArq), foi idealizado como espaço que pretende fornecer infraestrutura de apoio à pesquisa e à formação de pesquisadores em História da Ciência. Tem como missão preservar a memória científica nacional, favorecer as pesquisas multidisciplinares, através do recolhimento, reunião, organização, descrição, guarda, conservação e divulgação dos Fundos e Coleções de origem pública ou privada.
As dependências de guarda, inicialmente alocadas em uma sala de 30m2, conta atualmente com prédio próprio de 150m2.
Da documentação inicial, destaca-se o arquivo pessoal de Joaquim da Costa Ribeiro, a cessão dos conjuntos documentais pertencentes ao Ministério da Educação e Cultura: Comissão do Plano dos Institutos (COSUPI) e Programa de Ensino Tecnológico (PROTEC) e a aquisição de 55 entrevistas, das 77 realizadas no contexto do projeto "História da ciência no Brasil", coordenado por Simon Schwartzmann.
Complementar aos fundos e coleções, a área de Arquivos Históricos mantém em seu acervo os depoimentos com cientistas e pesquisadores brasileiros, realizados por pesquisadores do CLE. Dentre eles, destacam-se as entrevistas de Jayme Tiomno e Elisa Frota-Pessoa, Walter Hugo de Andrade Cunha e Luiz Muniz Barreto. Preserva-se ainda, as conferências, colóquios e seminários realizados e/ou coorganizados pelo CLE, entre eles, os seminários de Auto–Organização, idealizado e criado por Michel Debrun em 1986.
Importante salientar que os arquivos de Newton Carneiro Affonso da Costa e Walter Hugo de Andrade Cunha foram doados em vida e por isso ainda recebe incorporações.
Recuperar e preservar a memória científica nacional é objetivo do CLEArq e as fontes primárias sob sua guarda registram científica, economicamente e até filosoficamente a evolução e consolidação na ciência no Brasil. Documentação relevante para discussões sobre o desenvolvimento científico, tecnológico e educacional de nosso país.

Desde 1988 o CLEArq reúne arquivos institucionais (sob custódia) e pessoais. Entre eles destacamos: Fundos Centro de Lógica, Epistemologia e História da Ciência, Programa de Expansão do Ensino Tecnológico. Entre as coleções particulares estão Fundo Newton Carneiro Affonso da Costa, Joaquim da Costa Ribeiro, Ayda Ignez Arruda, Michel Maurice Debrun e Walter Hugo de Andrade Cunha.
Seu acervo é composto por variados gêneros (audiovisual, iconográfico, sonoro, textual e tridimensional.
Os Fundos e Coleções sob guarda do CLEArq propicia subsídios para pesquisa e produção de conhecimento na área de História das Ciências.