A idéia da fundação da Associação de Linguística e Filologia da América Latina, ALFAL, ocorreu durante o IX Congresso Internacional de Linguística, organizado pelo Comitê Internacional Permanente de Linguistas(CIPL / UNESCO), realizado em Cambridge, Massachusetts, em agosto de 1962.
Sua efetivação, no entanto, só aconteceu dois anos depois, em uma reunião realizada pelo Instituto de Filologia da Universidade do Chile, em Viña del Mar, Chile.
Entre 1966 e 1981, a ALFAL desenvolveu suas atividades em conjunto com o Programa Interamericano de Linguística e Ensino de Idiomas (PILEI). Neste período, à Associação coube a tarefa de organizar congressos, enquanto que, ao PILEI, coube promover projetos coletivos de pesquisa, simpósios e institutos.
Em janeiro de 1966, foi realizado em Montevidéu, Uruguai, o I Congresso Internacional da ALFAL. O segundo ocorreu três anos depois, em São Paulo. Até 1981, quando a parceria acaba, devido ao desaparecimento do PILEI, foram realizados mais quatro congressos.
A ALFAL assimilou alguns projetos que eram desenvolvidos no PILEI.
A nova etapa que se iniciou a partir daí, caracterizou-se, principalmente, pela determinação em se manter a Associação, aumentar seu número de associados e estimular os interessados nas atividades da ALFAL.
A partir de 1984, ocorreram mais sete congressos internacionais.
O IX ocorreu em Campinas, em agosto de 1990, no Instituto de Estudos da Linguagem da Universidade Estadual de Campinas (IEL/UNICAMP).
O XIII Congresso, o último realizado, aconteceu em San José, na Costa Rica, em fevereiro de 2002.
A partir de 1989, passou a ser publicado o primeiro número da revista “Linguística”, que em 2002 chegou ao seu 14º número.
A ALFAL é constituída por Comissões de Pesquisa, que são o núcleo da Associação.
Essas comissões são integradas por especialistas, que se reúnem voluntariamente, e organizadas através de uma agenda de pesquisas, cujos resultados são apresentados nos congressos internacionais. É administrada por uma Diretoria composta de Presidente, Secretário Geral e Tesoureiro, que exercem um mandato de seis anos, sendo renovada, pela metade, a cada três anos.
O órgão deliberativo máximo é a Assembleia Geral, convocada a cada três anos pelo Presidente.
Seis vogais, igualmente eleitos, fiscalizam e aprovam os informes da presidência, da secretaria e da tesouraria, auxiliando-a em suas deliberações. Delegados regionais nomeados pela Diretoria auxiliam-na nas tarefas administrativas.