Filho de José Carlos Lafetá e Maria da Conceição Machado Lafetá, João Luiz Machado Lafetá nasce em doze de março de 1946, em Montes Claros, norte de Minas Gerais.
João Luiz Lafetá conclui os estudos primário e secundário em Montes Claros e Belo Horizonte, cidade para a qual muda-se em 1962. Em 1965, muda-se para Brasília e inicia a graduação em Letras Brasileiras pela Universidade de Brasília (UnB), formando-se em 1968.

Inicia sua carreira profissional na área do jornalismo. Tendo atuado entre 1963 e 1964 na redação do "Jornal de Montes Claros", nas áreas do noticiário policial e de notícias locais, em 1966 é contratado pela sucursal de Brasília do "Diário de São Paulo", escrevendo na área dos comunicados de imprensa. Ao término desse período, torna-se monitor do curso "Oficina Literária", ministrado pelo escritor Cyro dos Anjos, na UnB, entre 1967 e 1968. A Oficina consistia em um ateliê de escrita criativa, realizada em forma de seminários sobre estilística e técnica literária.

Ao término de sua graduação na UnB, Lafetá muda-se para São Paulo, ingressando na pós-graduação em Teoria Literária e Literatura Comparada, na Universidade de São Paulo (USP), em 1969. Sob a orientação de Antonio Candido, tem como professores Paulo Emílio Salles Gomes, Ruy Coelho e Gilda de Mello e Souza, entre outros. Em 1973, conclui o mestrado sobre os aspectos da crítica literária no decênio de 1930. No ano seguinte à defesa da Dissertação, o trabalho é publicado pela editora Duas Cidades, com o título "1930: A Crítica e o Modernismo". Ainda durante o mestrado, entre 1971 e 1973, atua como instrutor voluntário junto à disciplina "Introdução aos Estudos Literários", na USP (no início em parceria com Davi Arrigucci Júnior, e, a partir de 1972, assumindo as aulas expositivas e a orientação das turmas).

Em 1973, obtém uma bolsa de doutoramento da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP), com projeto intitulado "A Poesia de Mário de Andrade: estudo de algumas tendências estéticas e ideológicas". Entre 1974 e 1977, escreve diversos artigos para periódicos científicos, notadamente na área de crítica literária e literatura brasileira, e também para o jornal "Movimento", um dos órgãos alternativos de resistência à ditadura militar.

Em 1975, João Luiz Lafetá é convidado por Antonio Candido para integrar a equipe inicial da área de Teoria Literária do Instituto de Estudos da Linguagem, da Universidade Estadual de Campinas (IEL - UNICAMP). Com o auxílio técnico de Haquira Osakabe e ao lado de Adélia Bezerra de Meneses Bolle e José Miguel Wisnik, Lafetá é um dos responsáveis pela concepção do futuro currículo do curso de Letras deste Instituto. Ao longo desse período, também é professor de Teoria Literária no IEL - UNICAMP, entre 1975 e 1979.

Em 1978, é finalmente admitido como professor de Teoria Literária e Literatura Comparada na USP, após ter seu processo de contratação arquivado por motivos políticos, em decorrência da acusação de participação no movimento estudantil, em 1968. Tendo interrompido o curso de Doutorado em 1975, retoma-o em 1976. Em 1980, defende a tese, intitulada "Figuração da intimidade (contribuição ao estudo das imagens na poesia de Mário de Andrade)", perante uma banca composta pelos professores Drs. Antonio Candido (seu orientador), Marlyse Meyer, Iumna Maria Simon, Modesto Carone e Davi Arrigucci Jr. Já em 1986, essa tese é publicada pela Martins Fontes, com o título "Figuração da intimidade: imagens da poesia de Mário de Andrade". No ano de 1981, é bolsista da FAPESP para a realização de estudos de Pós-Doutorado na École des Hautes Études en Sciences Sociales, Groupe de Sociologia de la Littérature, em Paris. No início da década de 1990, coordena, na USP, a área de pesquisa em "Literatura, Psicanálise e Sociedade", que tinha a Psicanálise como instrumento adicional para a interpretação literária.

Publica também a obra "Mário de Andrade: seleção de textos, estudos biográfico, histórico e crítico" (1990) e os ensaios "O Mundo à revelia" (prefácio à obra "São Bernardo", de Graciliano Ramos, em 1974), "Traduzir-se - Ensaio sobre a poesia de Ferreira Gullar" (1982) e "A Dimensão da noite" (1992), entre outros. Ao longo dos anos de 1990 e 1991, João Luiz Lafetá é professor visitante de Literatura Brasileira no Lateinamerika, Instituto da Universidade Livre de Berlim. Nos últimos anos de sua vida, dedica-se à tese de livre-docência, centrada na obra de Graciliano Ramos, que ficará inacabada. Em sua homenagem, no ano de 2004, tem seu repertório crítico reunido por Antonio Arnoni Prado, e publicado sob o título "A Dimensão da noite e outros ensaios".

João Luiz Machado Lafetá falece em São Paulo, no dia 19 de janeiro de 1996.