Criada pela Deliberação CONSU-A-017/1998, a Cocen está vinculada à Coordenação Geral da Universidade (CGU), via Resolução GR-034/2018. No ato de sua criação, reportava propostas à Comissão de Assuntos Interdisciplinares (CAI), ligada ao Consu. A Coordenadoria foi, pois, instaurada como estrutura específica para coordenar os 21- atualmente 22 - centros e núcleos que colaboram com os cursos de graduação, pós-graduação, extensão e especialização oferecidos pela Universidade. A Cocen incentiva o desenvolvimento de projetos temáticos multidisciplinares ou de prestação de serviços a instituições públicas e privadas e apoia docentes, pesquisadores e estudantes. Foca em propostas para o desenvolvimento dos centros e núcleos, bem como na avaliação bienal de suas atividades. Zela pelo cumprimento dos objetivos e regimentos dos centros e núcleos e pela conformidade de seus atos com as normas legais e internas da Universidade; analisar propostas relativas ao quadro de pessoal e carreira. A Coordenadoria também realiza eventos científicos de alcance nacional e internacional, edita periódicos e livros, mantém acervos documentais e estabelece convênios com instituições brasileiras e internacionais.