Inicialmente conhecido como Fundo de Apoio à Pesquisa - FAP conforme Portaria GR 19/86, de 18.01.1986, teve a sua primeira alteração na denominação e estrutura através da Deliberação CONSU-A 17/90, de 24.09.1990 para Fundo de Apoio ao Ensino e à Pesquisa - FAEP. Porém, de acordo com a Deliberação CONSU-A-24, de 30.03.2003 sofreu uma fusão com o Fundo de Apoio à Extensão-FAE tornando-se Fundo de Apoio ao Ensino, Pesquisa e Extensão - FAEPEX, que tem por por finalidade prover recursos para o incentivo e o apoio de projetos e atividades de ensino, pesquisa e extensão que contribuam para o enriquecimento da vida acadêmcia. Os recursos para o funcionamento do FAEPEX são classificados nas seguintes áreas:Tecnológicas, Exatas, Biomédicas e Humanas.