O FNFM é composto principalmente por cartas trocadas entre colegas, com instituições científicas de pesquisa e ensino, nacionais e internacionais. A correspondência trocada com seu irmão Ademar, também geneticista, envolvem tanto questões familiares quanto profissionais. A correspondência familiar inclui diversas "circulares", com mensagens para vários membros da família em um mesmo item. Há também cartas trocadas entre NFM e padres e religiosos. O FNFM inclui também a sua produção intelectual e sobre ele, diplomas e certificados, relatórios de viagens, currículos, fotografias e vídeos de eventos, entre outros.

Anotações de César Lattes sobre as teorias de Gleb Wataghin, Enrico Fermi e Heisenberg.

Relação dos trabalhos científicos de CL.

Relação dos trabalhos publicados em revistas científicas de CL.

Relação das conferências internacionais, das atas de congressos.

Curriculum vitae e documentos que o completa.

A Coleção CL traz documentos avulsos sobre sua trajetória acadêmica, mas rico às pesquisas sobre a história da física e construção do Observatório de Física Cósmica no Monte Chacaltaya, em La Paz, na Bolívia.