Inicialmente denominado Instituto de Matemática e previsto na Lei Estadual 7.655/62, de 28.12.1962, que criou a Universidade Estadual de Campinas, o o Instituto de Matemática, Estatística e Ciência da Computação teve autorização para instalação e funcionamento com a Resolução CEE 46/66, de 19.12.1966, mas sua implantação definitiva teve início apenas a partir de 1968. Com o desmembramento do Departamento de Ciência da Computação (DCC), que deixou de fazer parte do IMECC para tornar-se uma unidade independente em março de 1996, o Instituto de Matemática, Estatística e Ciência da Computação teve seu nome alterado para Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica e a sigla IMECC pode ser mantida. De acordo com a Portaria GR 82/86, o IMECC está diretamente diretamente subordinado à reitoria e tem por finalidade desenvolver o ensino, a pesquisa e a prestação de serviços à comunidade, conforme disposto no Regimento Geral da Universidade.