IInicialmente denominada Faculdade de Tecnologia de Alimentos (FTA), teve autorização para instalação e funcionamento por meio da Resolução CEE 46/1966. Iniciou suas atividades em 1967 no Instituto de Tecnologia de Alimentos (ITAL). Em 1972, o curso foi transferido para o campus da Unicamp. A partir do Decreto Estadual 7.342/1975, a unidade foi denominada Faculdade de Engenharia de Alimentos e Agrícola (FEAA), em decorrência da criação do curso de Engenharia Agrícola. Dez anos depois, com a publicação do Decreto Estadual 23.646/1985, a FEAA desdobrou-se, dando origem à Faculdade de Engenharia de Alimentos (FEA) e à Faculdade de Engenharia Agrícola (FEAGRI). A FEA tem como principal objetivo formar profissionais capacitados para atender as exigências técnico-científicas da agroindústria e das entidades de ensino e pesquisa. Atualmente é composta pelos Departamento de Ciência de Alimentos e Nutrição e Departamento de Engenharia e Tecnologia de Alimentos.