O CEES é fruto de um convênio firmado entre a Secretaria de Estado de Educação de São Paulo e a Unicamp em 23.07.1987, em atendimento a uma reivindicação dos servidores da Unicamp feita através da ASSUC – Associação dos Servidores da Universidade e tendo como objetivo o ensino supletivo de 1º e 2º Graus, na modalidade Suplência, a jovens e adultos que não concluíram a escolarização regular na idade prevista. Inicialmente denominado Núcleo Avançado de Centro de Educação Supletiva (NACES), estava subordinado ao CEES de Americana. Passou a denominar-se Centro Estadual de Educação Supletiva “Paulo Decourt” (CEES) pelo Decreto Estadual 30.558/89, de 03.10.1989, ficando subordinado à Pró-Reitoria de Extensão e Assuntos Comunitários (PREAC). Pela Portaria GR 198/98, de 30.07.1998, passou a subordinar-se à Pró-Reitoria de Desenvolvimento Universitário (PRDU). Em 1995 e em 2002 foi celebrado novo Convênio entre a Secretaria da Educação e a Universidade Estadual de Campinas com a finalidade de manter em funcionamento o Centro Estadual de Educação Supletiva-CEES. Em 2007, após vencimento daquele último Convênio firmado, houve prorrogação até novembro de 2009 a fim de que fosse garantida a conclusão do curso para os alunos matriculados. As atividades do NACES tiveram início em outubro de 1987, com o setor pedagógico funcionando em um barracão do Instituto de Física “Gleb Wataghin” (IFGW) e o setor administrativo funcionando no prédio do Ciclo Básico. Em março de 1988 o CEES passou a funcionar apenas no prédio do Ciclo Básico, unindo os setores administrativo e pedagógico. Em janeiro de 2001, Resoluções SE nº 01, 02 e 04 alteraram a organização curricular dos cursos de Educação de jovens e adultos, bem como tornaram-nos unidades escolares autônomas, alterando assim a organização e composição do CEES quanto à estrutura curricular e o quadro de docentes e funcionários.